cg-md

使用 MARTINI 3 CG 流程评估跨膜螺旋自发侧向组装与寡聚化的可行性与速率。

用 MARTINI 3 做粗粒化(CG)分子动力学，跑跨膜(TM)螺旋自发侧向组装/寡聚化的完整流程和避坑指南。适合要建库、跑自组装、算组装概率或解读 first‑passage time 时用。特别在于会提醒常见建模雷区（力场假象、弹性网络、参数设置）并建议用原子级方法(US/PMF)交叉验证结果可靠性。

# MARTINI CG 自发组装 MD

用 MARTINI 3 把"几条已各自插膜的 TM 螺旋能不能自发侧向组装成寡聚体、多快、多大概率"直接跑出来。
**这个 skill 的核心价值有两条:(1) 那几个一旦错了就白烧 GPU-天的建库/跑法坑;(2) 怎么判断 CG 结果
可不可信 —— CG 组装强度排序经常是力场假象,必须用原子级方法(US/PMF)交叉检验。**

跑之前先体检:

```bash
python3 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/cg_preflight.py PROA_0.itp prod.mdp
```

零依赖(纯 python3 标准库),静态查那几个致命点:刚性键有没有软化、弹性网络在不在/是不是跨链、
净电荷(genion 中和用)、末端中性帽、dt≤8fs、coulombtype=reaction-field。FATAL 项跑之前必须修。

---

## 五个绝不能违反的科学约束(错了结果从物理上就是错的)

这些是本方法成立的前提,违反任何一条,"组装与否"就不再由真实物理力决定:

1. **弹性网络(EN)只能加在单条链内部,绝不能跨链。** 做法上靠**对单个 monomer 分别 martinize**
   从构造上保证 EN 只在链内 —— 千万别把整个三聚体一次性 martinize(EN/exclusions 会跨链,
   等于把寡聚体人为焊死,组装就成了预设结论)。`cg_preflight.py` 会警告一个 itp 里出现多个
   `[moleculetype]`(多链拼装的迹象)。
2. **