md-structure-check

在做 MD 建模前先跑一遍结构体检脚本，并按“修得好 / 修不好”把问题分级，别只看单点能量就慌。适合准备用 CHARMM-GUI、tleap、pdb2gmx、上传 PDB、做同源模型或遇到异常能量、D 型氨基酸、手性、顺式肽、原子重叠、缺失原子或膜蛋白朝向问题时用。脚本零依赖，重点是解读结果并判断哪些问题必须重做、哪些可以容忍。

# MD 建模前结构体检

跑 `${CLAUDE_SKILL_DIR}/check_structure.py`,然后**按下面的方式解读结果** —— 解读比跑脚本重要。

```bash
python3 ${CLAUDE_SKILL_DIR}/check_structure.py <文件...> [--membrane] [--normal z] [--quiet]
```

脚本零依赖(纯标准库),不需要 numpy/conda 环境,任何有 python3 的机器都能跑。
支持 `.pdb` 和 `.gro`。多个文件一起传会额外做**横向一致性对比**。

## 核心原则:先分清"修得好"和"修不好"

这是本 skill 存在的理由。用户看到一个巨大的单点能量时,第一反应通常是"结构坏了要重做",
但实际上**大部分问题极小化会自己解决**,而真正致命的那几个反而不显眼。

| 级别 | 含义 | 该怎么办 |
|---|---|---|
| **A** | **跑 MD 永远修不好** | **必须建模前修掉**,否则错误会一路带进所有下游结果 |
| B | 极小化能修好 | 照常往下走。建库时单点能量高是正常的 |
| C | 文件格式问题 | 上传/解析会直接失败,必须先修 |
| D | 膜蛋白拓扑几何 | 脚本只报事实,**需要人工判断是否符合真实拓扑** |
| E | 多体系不一致 | 单看每个都正常,放一起才暴露 —— 横向比较的前提 |

**A 级为什么修不好**:手性、顺式肽键、穿环这些是**拓扑层面**的错误。把 D 型变成 L 型需要
断