gromacs-md-workflow

仓库创建 2026年7月26日最近提交 17 小时前SkillHot 收录 2 小时前

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▸ 精选理由

覆盖从输入核查到保留结果的完整流程，适合需要在本地 GPU 上运行的研究者。

▸ 风险提示

依赖 WSL、GPU 驱动与大量计算资源，需本地高权限与配置

这个 Skill 做什么

在 WSL 下设置、运行并验证 GPU 加速的 GROMACS 蛋白-配体 MD 工作流。

▸ 展开 SKILL.md 英文原文

Set up, run, validate, analyze, and document GPU-accelerated protein-ligand molecular dynamics simulations with GROMACS in WSL. Use for requests to run or resume GROMACS MD, audit mdp/topology/ligand parameters, compare protein-ligand trajectories, calculate RMSD/RMSF/Rg/contact/hydrogen-bond/PCA/free-energy analyses, or create a reproducible report.

研究检索工作流GPU加速WSL通用

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给你的 Agent 一句话（通用）

帮我安装这个 skill：https://raw.githubusercontent.com/wuzeping426-cmyk/gromacs-md-skills/main/skills/gromacs-md-workflow/SKILL.md

或 curl 直取 SKILL.md

curl -fsSL "https://raw.githubusercontent.com/wuzeping426-cmyk/gromacs-md-skills/main/skills/gromacs-md-workflow/SKILL.md"

SKILL.MD 节选查看完整文件 ↗

# GROMACS MD Workflow

Use this workflow for protein-ligand MD in WSL. Prefer the user's existing GROMACS version, directory layout, and scripts after verifying them. Preserve existing results and never overwrite a completed trajectory without explicit approval.

## 1. Discover and verify inputs

1. Identify the project root, protein PDB/GRO, ligand coordinates, topology, index file, MDP files, TPR, checkpoint, trajectory, and analysis outputs.
2. Check the executable with `gmx --version`; for this workspace the validated executable is `/mnt/g/software/gromacs/bin/gmx`.
3. Check the GPU with `nvidia-smi` and record GPU model, driver, CUDA support, MPI ranks, and OpenMP threads.
4. Inspect th

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