gromacs-md-protein-protein

仓库创建 2026年7月26日最近提交 18 小时前SkillHot 收录 4 小时前

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▸ 精选理由

保留链信息并区分界面与内部稳定性，适合结构互作研究。

▸ 风险提示

需要完整拓扑和生物组装信息，前期准备工作繁重

这个 Skill 做什么

为蛋白-蛋白复合体构建、平衡、运行和分析 GROMACS 分子动力学工作流。

负责蛋白-蛋白复合体的完整 GROMACS MD 流程：构建、平衡、运行、验证和分析，能处理抗体-抗原、寡聚体等复杂体系。用在需要区分链内稳定性与界面稳定性时，强调保留链标识和不改变实验/计算提出的接口。

▸ 展开 SKILL.md 英文原文

Build, equilibrate, run, validate, and analyze GROMACS molecular dynamics simulations of protein-protein complexes, oligomers, antibody-antigen systems, enzyme complexes, and multimeric interfaces.

研究检索蛋白复合体界面分析GROMACS通用

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# Protein-Protein Complex MD

Use a complex-specific workflow. Preserve chain identities and distinguish internal chain stability from interface stability.

## Preparation

1. Validate each chain's sequence, termini, protonation, cofactors, disulfides, missing residues, and biological assembly.
2. Assemble the complex without changing the experimentally or computationally proposed interface. Check chain IDs, residue numbering, inter-chain atom contacts, and total charge.
3. Use one coherent protein force field, water model, ion model, and ligand/cofactor parameter set. Freshly parameterize nonstandard residues and cofactors.
4. Solvate with at least 1.0 nm clearance unless the system size or

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