gromacs-md-membrane

仓库创建 2026年7月26日最近提交 18 小时前SkillHot 收录 4 小时前

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▸ 精选理由

针对膜体系提供专门检查点与注意事项，避免盲用可溶体流程。

▸ 风险提示

需合适的膜参数与拓扑，错误设置会严重影响模拟可信度

这个 Skill 做什么

构建、验证与分析膜蛋白和脂双层的原子尺度 GROMACS 模拟流程。

针对含脂双层或跨膜蛋白的原子级 GROMACS 模拟，负责准备、运行、验证和分析。适用于膜蛋白、受体、通道或膜结合配体的研究，特别注意膜方向、脂类组成、盒型和半各向压耦等膜体系特有问题。

▸ 展开 SKILL.md 英文原文

Prepare, run, validate, and analyze atomistic GROMACS simulations of membrane proteins, lipid bilayers, and membrane-bound complexes. Use when the system contains a lipid membrane, transmembrane protein, receptor, transporter, channel, or membrane-associated ligand.

研究检索膜蛋白膜体系GROMACS通用

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帮我安装这个 skill：https://raw.githubusercontent.com/wuzeping426-cmyk/gromacs-md-skills/main/skills/gromacs-md-membrane/SKILL.md

或 curl 直取 SKILL.md

curl -fsSL "https://raw.githubusercontent.com/wuzeping426-cmyk/gromacs-md-skills/main/skills/gromacs-md-membrane/SKILL.md"

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# Membrane Protein MD

Treat a membrane simulation as a coupled protein-lipid-water-ion system. Do not reuse a soluble-protein protocol without checking membrane orientation, lipid topology, box geometry, and semi-isotropic pressure coupling.

## Inputs and construction

1. Identify the membrane type, lipid composition, protein orientation, leaflet asymmetry, protonation state, cofactors, ligand, salt concentration, and target temperature.
2. Prefer a validated builder such as CHARMM-GUI for CHARMM36m systems. If using a custom builder, record the lipid coordinates, solvent model, ion parameters, and exact topology source.
3. Keep the force-field ecosystem consistent. For example, use CHARMM

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