gromacs-md-force-fields

仓库创建 2026年7月26日最近提交 18 小时前SkillHot 收录 4 小时前

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▸ 精选理由

帮助避免常见力场不兼容和参数误配，适合构建新体系时使用。

▸ 风险提示

科学性强，建议专家复核，错误选择可导致模拟结果误导

这个 Skill 做什么

为蛋白、配体、脂类等体系选择并审计兼容的 GROMACS 力场与拓扑。

帮你为蛋白、配体、脂类、水、离子等挑选并审计兼容的 GROMACS force fields，避免把蛋白力场随意和配体或水模型混用。新建系统、改力场或参数化配体时用，强调先确定一套一致的参数生态再构建体系。

▸ 展开 SKILL.md 英文原文

Select and audit compatible GROMACS force fields for proteins, ligands, carbohydrates, lipids, water, ions, cofactors, and coarse-grained systems. Use when starting a new MD system, changing force fields, parameterizing a ligand, or checking whether an existing topology is scientifically compatible.

研究检索力场选择参数兼容GROMACS通用

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安装 / 使用

给你的 Agent 一句话（通用）

帮我安装这个 skill：https://raw.githubusercontent.com/wuzeping426-cmyk/gromacs-md-skills/main/skills/gromacs-md-force-fields/SKILL.md

或 curl 直取 SKILL.md

curl -fsSL "https://raw.githubusercontent.com/wuzeping426-cmyk/gromacs-md-skills/main/skills/gromacs-md-force-fields/SKILL.md"

SKILL.MD 节选查看完整文件 ↗

# Force-Field Selection and Compatibility

Choose one coherent parameter ecosystem before building the system. A force-field name on the protein does not make an arbitrary ligand, water model, lipid, or ion topology compatible.

## Practical families

- AMBER protein families such as ff14SB/ff19SB: pair with the documented AMBER water/ion convention; use GAFF2 plus a documented charge method for ordinary organic ligands. Use GLYCAM for carbohydrates when carbohydrate stereochemistry and torsions are central, following its combination rules.
- CHARMM36m: strong default for proteins and membranes; use CHARMM-compatible TIP3P, CGenFF for ligands, and CHARMM lipid parameters. CHARMM-GUI outputs

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