gromacs-md-analysis

仓库创建 2026年7月26日最近提交 18 小时前SkillHot 收录 4 小时前

▸ 精选理由

提供可复现的轨迹预处理与多种关键分析，便于产出可复现报告。

▸ 风险提示

需本地安装 GROMACS 并处理大数据文件，依赖环境配置

这个 Skill 做什么

对 GROMACS 轨迹做 PBC 校正、RMSD/RMSF/PCA、能量面与报告化分析。

对 GROMACS 的轨迹做一套可复现的分析流程：PBC 校正、对齐拟合、RMSD/RMSF/Rg、接触/氢键、PCA、能量面绘制，以及为 MM/PBSA 做准备和生成图表与 DOCX 报告。适合分析蛋白、蛋白-配体、膜体系或复合物的分子动力学模拟结果。特点是流程全面且可复现，既产出可视化图表也能交付格式化报告。

▸ 展开 SKILL.md 英文原文

Analyze protein, protein-ligand, membrane, and protein-protein GROMACS trajectories with reproducible PBC correction, fitting, RMSD/RMSF/Rg, contacts, hydrogen bonds, PCA, free-energy landscapes, MM/PBSA preparation, plots, and DOCX reporting.

研究检索分子动力学轨迹分析GROMACS通用

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给你的 Agent 一句话（通用）

帮我安装这个 skill：https://raw.githubusercontent.com/wuzeping426-cmyk/gromacs-md-skills/main/skills/gromacs-md-analysis/SKILL.md

或 curl 直取 SKILL.md

curl -fsSL "https://raw.githubusercontent.com/wuzeping426-cmyk/gromacs-md-skills/main/skills/gromacs-md-analysis/SKILL.md"

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# GROMACS Trajectory Analysis

Start by inventorying the TPR, trajectory, index groups, topology, checkpoint/log, and simulation intervals. State whether the analysis includes equilibration or production only.

## Coordinate preprocessing

1. Make a whole-molecule, PBC-corrected trajectory. Keep a protein-ligand or complex trajectory for visual inspection and separate protein/ligand groups for metrics.
2. Fit protein backbone or C-alpha coordinates for protein RMSD/RMSF and ligand-in-pocket motion. Do not fit on the ligand when measuring ligand displacement relative to the protein.
3. Verify atom counts, residue numbering, ligand atom order, box vectors, frame time, and selection groups befo

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