geniml

仓库创建 2025年10月20日最近提交 5 小时前SkillHot 收录 20 天前

▸ 精选理由

对基因组数据的下游 ML 与相似性搜索有直接帮助。

▸ 风险提示

处理基因组数据存在隐私与合规风险，请注意数据治理。

这个 Skill 做什么

针对 BED/基因组区间数据的机器学习工具，支持嵌入与聚类分析。

把 BED/基因组区间数据整理成可用的机器学习流程：校验坐标、assembly 与 token vocab，规划 Region2Vec 或 scEmbed 的运行并检查模型与 tokenizer 的兼容性。常在准备嵌入或聚类分析、做下游模型输入前使用，能提前发现数据约定不一致的问题。它只做验证与规划，不会反序列化模型或实际跑训练，方便审计和排错。

▸ 展开 SKILL.md 英文原文

Use Geniml for audited local genomic-interval workflows: validate BED and universe contracts, plan Region2Vec or scEmbed runs, inspect model/tokenizer compatibility, and assess consensus universes.

垂直行业基因组区间嵌入学习生物信息通用

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安装 / 使用

给你的 Agent 一句话（通用）

帮我安装这个 skill：https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/main/skills/geniml/SKILL.md

或 curl 直取 SKILL.md

curl -fsSL "https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/main/skills/geniml/SKILL.md"

SKILL.MD 节选查看完整文件 ↗

# Geniml

Use Geniml for machine learning and statistical workflows over genomic interval
sets. Treat coordinates, assemblies, token vocabularies, model artifacts, and
sample grouping as explicit contracts. The bundled scripts validate or plan;
they do not import Geniml, contact services, deserialize models, or execute
training.

`Bash` is declared only for explicit, user-approved `uv`, Python, Geniml,
Gtars, Git, and native CLI commands shown in this guide; bundled Python helpers
do not spawn subprocesses. Example paths under `data/`, `refs/`, `work/`, and
`models/` are user-provided project placeholders, not missing bundled files.

## Verified release snapshot

- Latest stable PyPI release

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