flowio

仓库创建 2025年10月20日最近提交 5 小时前SkillHot 收录 20 天前

▸ 精选理由

对流式细胞数据预处理与管线集成很实用，依赖轻量实现。

这个 Skill 做什么

解析 FCS 文件，提取事件矩阵、通道元数据并导出 CSV/DataFrame。

用 FlowIO 读写 FCS 2.0/3.0/3.1 文件，能查看 HEADER/TEXT/ANALYSIS 和通道元数据，把事件数据提取成 NumPy 数组或导出成 CSV/DataFrame。当你需要低级别检查或批量导出原始流式细胞术数据，而不是做补偿或门控时用它；那些更高级的变换交给 FlowKit 或 FlowJo。特点是轻量、专注于原始数据读写和多数据集文件处理。

▸ 展开 SKILL.md 英文原文

Read, inspect, and write Flow Cytometry Standard (FCS) 2.0, 3.0, and 3.1 files with FlowIO. Use for low-level FCS metadata and channel inspection, NumPy event extraction, multi-dataset files, table export, and FCS 3.1 creation; use FlowKit for compensation, cytometry transforms, gating, or FlowJo workspaces.

垂直行业流式细胞FCS解析数据转换通用

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安装 / 使用

给你的 Agent 一句话（通用）

帮我安装这个 skill：https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/main/skills/flowio/SKILL.md

或 curl 直取 SKILL.md

curl -fsSL "https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/main/skills/flowio/SKILL.md"

SKILL.MD 节选查看完整文件 ↗

# FlowIO

## Purpose

Use FlowIO as a lightweight, low-level reader and writer for Flow Cytometry
Standard files. Examples in this skill target **FlowIO 1.4.0**, the current
stable release verified on 2026-07-23.

FlowIO is appropriate for:

- Reading FCS 2.0, 3.0, and 3.1 files
- Inspecting HEADER, TEXT, ANALYSIS, and channel metadata
- Retrieving event data as a two-dimensional NumPy array
- Reading legacy files that contain multiple datasets
- Writing list-mode, single-precision FCS 3.1 files
- Preparing data for pandas, machine-learning, or downstream cytometry tools

FlowIO does **not** perform compensation, logicle/biexponential transforms,
gating, clustering, or FlowJo workspace proce

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