datamol

仓库创建 2025年10月20日最近提交 5 小时前SkillHot 收录 20 天前

▸ 精选理由

为小分子药物发现提供简洁易用的工具链，降低 RDKit 使用门槛。

▸ 风险提示

依赖 RDKit 的本地 C++ 组件与科学计算库，安装部署较复杂。

这个 Skill 做什么

对 RDKit 的轻量封装，提供分子标准化、指纹、聚类与三维构象等功能。

对 RDKit 做了轻量封装，提供分子标准化、指纹、描述符、聚类和 3D 构象生成等常用功能，接口更 Pythonic、默认值友好且支持并行。常用在常规的药物发现流程里处理 SMILES、做指纹搜索或构象生成，并直接返回 rdkit.Chem.Mol 对象。想要更细粒度控制时还可以回退到原生 RDKit。

▸ 展开 SKILL.md 英文原文

Pythonic wrapper around RDKit with simplified interface and sensible defaults. Preferred for standard drug discovery including SMILES parsing, standardization, descriptors, fingerprints, clustering, 3D conformers, parallel processing. Returns native rdkit.Chem.Mol objects. For advanced control or custom parameters, use rdkit directly.

研究检索化学信息学RDKit 封装分子处理通用

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安装 / 使用

给你的 Agent 一句话（通用）

帮我安装这个 skill：https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/main/skills/datamol/SKILL.md

或 curl 直取 SKILL.md

curl -fsSL "https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/main/skills/datamol/SKILL.md"

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# Datamol Cheminformatics Skill

## Overview

Datamol is a Python library that provides a lightweight, Pythonic abstraction layer over RDKit for molecular cheminformatics. Simplify complex molecular operations with sensible defaults, efficient parallelization, and modern I/O capabilities. All molecular objects are native `rdkit.Chem.Mol` instances, ensuring full compatibility with the RDKit ecosystem.

**Version note:** Examples target **datamol 0.12.x** (PyPI stable: **0.12.5**, June 2024). Since 0.10.0, modules are lazy-loaded by default (set `DATAMOL_DISABLE_LAZY_LOADING=1` to disable). Since 0.12.2, RDKit is a direct PyPI dependency of datamol. Fingerprints use RDKit's `rdFingerprintGene

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