cellxgene-census

仓库创建 2025年10月20日最近提交 5 小时前SkillHot 收录 20 天前

▸ 精选理由

按需获取大规模细胞元数据与表达切片，免下载整库节省带宽。

▸ 风险提示

访问公共服务可能受限或需遵守数据使用政策。

这个 Skill 做什么

程序化查询 CZ CELLxGENE Census 的标准化单细胞与空间转录组数据。

按程序查询 CZ CELLxGENE Census 的版本化单细胞与空间转录组公开数据，能拿到细胞元数据、基因表达切片、嵌入向量和 .h5ad 下载地址等。适合需要人口规模数据切片、跨组织/疾病/平台比对或汇总统计时使用。特点是直接查询公共资源，无需先整套下载大数据集。

▸ 展开 SKILL.md 英文原文

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

数据与抓取单细胞公共数据集程序化查询通用

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安装 / 使用

给你的 Agent 一句话（通用）

帮我安装这个 skill：https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/main/skills/cellxgene-census/SKILL.md

或 curl 直取 SKILL.md

curl -fsSL "https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/main/skills/cellxgene-census/SKILL.md"

SKILL.MD 节选查看完整文件 ↗

# CZ CELLxGENE Census

## Overview

The CZ CELLxGENE Census provides programmatic access to a comprehensive, versioned collection of standardized single-cell and spatial transcriptomics data from CZ CELLxGENE Discover. This skill enables efficient querying and analysis of public Census releases without downloading whole datasets first.

The Census includes:
- **217+ million total cells** and **125+ million unique cells** in the 2025-11-08 stable LTS release
- **1,845 datasets** in the 2025-11-08 stable LTS release
- **Human, mouse, marmoset, rhesus macaque, and chimpanzee** data in the current schema
- **Standardized metadata** (cell types, tissues, diseases, donors)
- **Raw gene expression*

via SKILL·HOT · 数据来自 GitHub 公开信息 · 原文版权归作者所有