bioservices

仓库创建 2025年10月20日最近提交 5 小时前SkillHot 收录 20 天前

▸ 精选理由

便于跨库整合与批量查询，适合多源数据分析场景。

▸ 风险提示

依赖外部数据库网络服务，可能受限流或服务变更影响。

这个 Skill 做什么

统一访问 40+ 生物信息学网络服务与数据库的 Python 接口。

通过一个统一的 Python 接口同时查多家生物信息学数据库（如 UniProt、KEGG、ChEMBL、Reactome），省去为每家写不同请求的麻烦。适合做跨库比对、ID 映射和整合分析，遇到需要把不同来源数据拼在一起就用它。特点是透明封装了 REST 和 SOAP/WSDL，调用方式一致，方便把多源查询并入同一工作流。

▸ 展开 SKILL.md 英文原文

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

数据与抓取跨库查询生物数据库ID映射通用

3.2w

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7 日增星

安装 / 使用

给你的 Agent 一句话（通用）

帮我安装这个 skill：https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/main/skills/bioservices/SKILL.md

或 curl 直取 SKILL.md

curl -fsSL "https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/main/skills/bioservices/SKILL.md"

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# BioServices

## Overview

BioServices is a Python package providing programmatic access to approximately 40 bioinformatics web services and databases. Retrieve biological data, perform cross-database queries, map identifiers, analyze sequences, and integrate multiple biological resources in Python workflows. The package handles both REST and SOAP/WSDL protocols transparently.

**Version note:** Examples target **bioservices 1.16.0** (PyPI, Mar 2026). Requires **Python 3.9–3.12**. UniProt REST changes in mid-2022 (bioservices ≥1.10) mainly affect tabular `columns` names — see upstream `_legacy_names` if parsing breaks. ChEMBL wrappers changed at 1.6.0 (2018 API); use `get_similarity`, `get_

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