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biopython

仓库创建 2025年10月20日最近提交 6 小时前SkillHot 收录 20 天前

▸ 精选理由

成熟且功能全面，适合构建定制化生物信息流水线与批量任务。

这个 Skill 做什么

提供序列处理、文件解析和数据库访问的 Python 生物信息工具箱。

面向分子生物学的 Python 工具箱，能做序列处理、FASTA/GenBank/PDB 文件解析、进化树分析，并可程序化访问 NCBI/PubMed（Bio.Entrez）。适合做批量处理、定制化生物信息流水线和 BLAST 自动化，而不是随手查单条序列的轻量工具。优势是功能全面、易脚本化，方便集成到 pipeline。

▸ 展开 SKILL.md 英文原文

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

开发编程序列分析文件解析生物信息工具通用

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给你的 Agent 一句话（通用）

帮我安装这个 skill：https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/main/skills/biopython/SKILL.md

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curl -fsSL "https://raw.githubusercontent.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/main/skills/biopython/SKILL.md"

SKILL.MD 节选查看完整文件 ↗

# Biopython: Computational Molecular Biology in Python

## Overview

Biopython is a comprehensive set of freely available Python tools for biological computation. It provides functionality for sequence manipulation, file I/O, database access, structural bioinformatics, phylogenetics, and many other bioinformatics tasks. The current version is **Biopython 1.87** (released 30 March 2026). It supports **Python 3.10-3.14** and PyPy3.10, and requires NumPy. Biopython 1.87 also addresses **CVE-2025-68463** in `Bio.Entrez.Parser` when parsing untrusted files, so prefer 1.87+ for workflows that parse externally supplied Entrez XML.

## When to Use This Skill

Use this skill when:

- Working with bio

via SKILL·HOT · 数据来自 GitHub 公开信息 · 原文版权归作者所有